María Jesús Pérez Pérez es doctora en Farmacia por la Universidad Complutense (UCM). Tras desarrollar una estancia postdoctoral durante dos años y medio en el Rega Institute for Medical Research (KULeuven, Bélgica) financiados por una beca postdoctoral de la Fundación Areces y una beca Marie Curie, se reincorporó al Grupo de Nucleósidos del IQM en 1995 como Científico Titular. En el año 2005 es nombrada Investigador Científico y desde el año 2011 es Profesor de investigación. Ha sido Jefe de Departamento (2005-2011) y Directora del Instituto de Química Médica (2011-2015). En este último periodo ha formado también parte de la Junta del centro de Química Orgánica Lora-Tamayo (CENQUIOR), siendo Presidenta dela Junta de Centro entre 2011 y 2012.

Sus intereses científicos abarcan distintos proyectos relacionados con la búsqueda de nuevos agentes antivirales y antitumorales desde una perspectiva químico-médica. En particular, ha trabajado en distintas familias de inhibidores de enzimas del metabolismo de nucleósidos de relevancia terapéutica (timidina fosforilasa, quinasas de nucleósidos, etc..) y en inhibidores de la replicación de agentes patógenos como VIH o enterovirus. Sus principales líneas de investigación actuales se centran en el estudio de compuestos capaces de frenar la vascularización tumoral y la búsqueda de nuevos agentes antivirales especialmente frente a virus reemergentes (i.e Chikungunya).